Durante uma sessão de hidrocólon, a pessoa fica deitada enquanto a água percorre o cólon limpando todos os detritos. Com a participação das massagens do profissional, o peristaltismo intestinal é estimulado a colocar para fora os resíduos, através de uma mangueira conectada à cânula. Este sistema evita odores desagradáveis e preserva a dignidade do paciente, que permanece em uma posição cômoda enquanto os resíduos acumulados no intestino grosso são eliminados através de material descartável, evitando qualquer possibilidade de contaminação. Essa limpeza é completamente segura, indolor, benéfica e não tóxica.

O procedimento de hidrocólon inicia limpando os tampões retais e o sigmóide, ou seja, a última parte do cólon. À medida em que o cólon vai sendo limpo, a água atinge maior extensão no intestino grosso. Depois que os intestinos estão limpos em toda sua extensão, ou seja, cólon ascendente, transverso e descendente, são acessadas as placas (o que está grudado nas paredes e vilosidades intestinais). Ao mesmo tempo em que saem os detritos, a água purificada e ozonizada tem efeito desinfetante em bactérias, inativação de vírus e fungos.