A função do intestino grosso, última parte do trato digestivo, é absorver água e eletrólitos, além também de conduzir as fezes ao longo do cólon até que elas sejam expelidas. Porém, em função do trânsito lento, alimentação inadequada, sedentarismo e outros fatores, a massa fecal fica por muito tempo no cólon, começa a putrefar e adquire uma coloração preta e de consistência dura, que acaba sendo afetada pelas bactérias colônicas e colibacilos. Esses microorganismos atacam e fermentam restos de amidos, liberando hidrogênio, dióxido de carbono e gás metano. Além disso, transforma alguns restos de proteínas em aminoácidos. Esses produtos são convertidos em indol e sulfato de hidrogênio. A partir daí, é possível compreender o porquê do odor das fezes.

A coloração da matéria fecal ocorre em função da presença de birrilubina e alguns derivados: estercobilina e urobilina. Devido à coloração e aspecto, as fezes indicam alguma possível patologia ou desarranjo.